Biofouling et génomique

Nouvelle valorisation du projet ABIOP+ avec un article qui vient de paraître dans la revue Frontiers in Marine Science sur la diversité du biofouling marin eucaryote dans les zones littorales et offshores. Les travaux qui y sont présentés, ont été principalement menés par Aurélie Portas dans le cadre de son doctorat. Trois grandes conclusions sont ainsi formulées :

• La méthode d’extraction d’ADN pour le biofouling marin qui présente le meilleur rapport coût/reproductibilité est un protocole sans broyage préalable qui s’appuie sur un kit commercial et qui a fait l’objet d’un certain nombre d’optimisations.
• Les différents marqueurs génomiques utilisés – 5 régions du gène de la petite sous-unité des ribosomes eucaryotes 18S et 1 région du gène mitochondrial de la cytochrome C oxydase CO1 – ont permis d’identifier chacun, un ensemble distinct de taxons présents dans les assemblages de biofouling marins, avec une résolution taxonomique différente. Ces résultats soulignent l’importance du choix du marqueur dans les études basées sur des approches moléculaires. Pour affiner encore ce résultat et être plus discriminant, il faudrait inclure une approche multigénique pour obtenir une couverture plus complète de la diversité des communautés du biofouling.
• Indépendamment du marqueur utilisé, les variations spatiales de la structure des communautés eucaryotes du biofouling peuvent être évaluées à l’aide d’une approche de métabarcoding qui montre des communautés spécifiques pour chaque site d’étude (Banyuls, Toulon, Saint-Nazaire). Les résultats soulignent également l’importance des marqueurs ciblés pour tendre vers une approche globale.

Lire l’article paru dans Frontiers in Marine Science