Thèse – Biofouling et EMR

Le 12 avril 2023, Aurélie Portas a soutenu sa thèse de doctorat dans les locaux de l’Université de Toulon. Celle-ci portait sur l’étude des communautés procaryotes et eucaryotes du biofouling et des paramètres physiques structurants dans le contexte des énergies marines renouvelables. Ces travaux ont été réalisés dans le cadre du projet ABIOP+.

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Résumé

Le biofouling est un processus à l’origine de nombreux effets néfastes dans le domaine des énergies marines renouvelables (EMR) où les effets et l’ampleur de la biocolonisation sont encore méconnus. Dans le cadre du projet ABIOP+, l’objectif de cette thèse a été de mieux comprendre les mécanismes de colonisation spécifiques aux sites EMR. La diversité et la composition des communautés eucaryotes ont, dans un premier temps, été évaluées à travers différentes approches moléculaires afin de détecter la plus large gamme de taxons à partir d’échantillons collectés dans plusieurs milieux marins contrastés. Dans un second temps, cette thèse s’est intéressée aux facteurs influençant la dynamique de colonisation des communautés du biofouling, en particulier l’effet de l’hydrodynamisme. Une approche in situ et semi-contrôlée ont été réalisées en évaluant les réponses des communautés aux différentes conditions hydrodynamiques. Pour cela, une caractérisation multi-échelle des biofilms ainsi formés a été entreprise via des approches complémentaires liant métabarcoding (procaryotes et eucaryotes), métabolomique non ciblée, dosages biochimiques et microscopie. Enfin, nous avons étudié les communautés eucaryotes dans différents sites EMR en Atlantique et Méditerranée immergées entre 3 et 24 mois. Des mesures des caractéristiques générales du biofouling (biomasse, biovolume, densité, …) et des approches de taxonomie moléculaire ont révélé des différences dans les communautés eucaryotes.

Composition du jury

• Frédérique Viard, Directrice de recherche, ISEM / CNRS, Rapporteure
• Cédric Hubas, Professeur des universités, MNHN, Rapporteur
• Agnès Bouchez, Directrice de recherche, INRAE, Examinatrice   
• Antoine Carlier, Cadre de recherche, Ifremer, Examinateur
• Jean-François Briand, Maître de conférences, Université de Toulon, Directeur de thèse
• Gérald Culioli, Professeur des universités, Université d’Avignon, Co-directeur de thèse
• Nolwenn Quillien, Cadre de recherche, France Energies Marines, Co-encadrante de thèse

Crédit photo : Thomas Pavy